نفت القيادة العامة لـتنظيم القاعدة، أي صلة لها بتنظيم الدولة الإسلامية في العراق والشام / داعش، مؤكدة عدم مسؤوليتها عن أفعال هذا التنظيم الذي يقاتل جماعات سورية معارضة لنظام بشار الأسد. وذكرت قيادة القاعدة في رسالة نشرت على الإنترنت، انها لم تخطر بإنشاء جماعة داعش، ولم تستشر ولم ترضها، بل أمرت بوقف العمل فيها. مؤكدة انها ليست فرعا من جماعة قاعدة الجهاد، ولا تربطها بها علاقة تنظيمية، وليست الجماعة مسؤولة عن تصرفاتها. فإن أفرع الجماعة هي التي تعلنها القيادة العامة وتعترف بها". ويخوض تنظيم داعش معارك ضد المعارضة السورية بسبب نزاعات على السلطة والأرض في كثير من الأحيان ، ما أسفر عن مقتل نحو 1400 شخص بحسب المرصد السوري لحقوق الإنسان. وكان زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري قد دعا في رسالة صوتية نشرت على الإنترنت الشهر الماضي إلى وقف القتال بين "أخوة الجهاد والإسلام" في سوريا، وفي تحد لأوامر الظواهري حاول أبو بكر البغدادي قائد الدولة الإسلامية في العراق والشام، دمج جماعته مع جبهة النصرة مما تسبب في مزيد من الشقاق.