اعتبرت هيئة علماء المسلمين أن "توقيف الشيخ أحمد الأسير يؤكدّ أنّ الخطة الأمنية لم تطبق إلا على طائفة واحدة هي الطائفة السنية".  

ولفتت الى ان "استجوابات المتهمين بأحداث عبرا أمام المحكمة العسكرية الدائمة بالإضافة إلى أشرطة الفيديو كشفت مدى تورط ما يعرف بـ"سرايا المقاومة" التابعة لحزب إيران فيما جرى من أحداث مفتعلة هناك خلال شهر حزيران 2013، كما كشف استجواب أحمد الغريب في فرع المعلومات عن تورط وعلم مشغليه في النظام السوري بمخطط القضاء على ظاهرة الشيخ أحمد الأسير قبل حين".  

وحذرت الهيئة من "المساس بكرامة وسلامة الشيخ أحمد اسير ومن معه وتؤكد على ضرورة تقديم الضمانات المتعلقة بحصانة الحرمات والحريات لذويه وللرأي العام".  

وجددت الهيئة مطالبتها بـ"لجنة تحقيق مستقلة للبت بأحداث عبرا ومن كان وراءها كي يتبيّن الخيط الأسود من الخيط الأبيض، وكي لا يكون الخصم والحكم هم الفريق عينه، وكي لا يكون مصير كل من يلقى القبض عليهم من أهل السنة الموت والتعذيب في اقبية السجون".  

كما طالبت  أجهزة الأمن اللبنانية بـ"القيام بواجباتها لجهة القبض على المتهمين والمشتبه بهم بعمليات اغتيال وتفجيرات على شاكلة مصطفى بدرالدين ورفعت وعلي عيد، ممن تورطوا بدماء ابرياء، من اغتيال رئيس الحكومة السابق رفيق الحريري وتفجيري السلام والتقوى في طرابلس وغيرها الكثير الكثير".

  كما دعت إلى "اعتقال ميليشيات الحشد الطائفي ذات النفوس السوداء والشارات الصفراء، التي شاركت وبشكل سافر وفاضح في معارك عبرا".