استبعد أمين المجلس الأعلى للأمن القومي الإيراني علي شمخاني احتمال تورط الحكومة السورية في الهجوم الكيميائي على بلدة خان شيخون، واكد مطالبة بلاده بإجراء تحقيق مستقل في الحادث .
وفي حديث صحافي أكد شمخاني أننا "نستنكر الضربات الأميركية التي تم تنفيذها تحت هذه الذريعة، وأن الولايات المتحدة لا يمكن أن تكون قاضياً ومحلفاً في آن واحد"، مشدداً على أن "كلا طرفي الصراع في سوريا تم اتهامهما باستخدام الكيميائي، لكن الحكومة السورية اضطرت إلى تسليم ترسانتها الكيميائية في العام 2013، وقد أكدت منظمة حظر الأسلحة الكميائية هذه الحقيقة"، لافتاً إلى أنه شخصياً كان شاهداً على الهجمات الكيميائية التي استهدفت العسكريين الإيرانيين في أثناء الحرب الإيرانية العراقية في الفترة بين العامين 1980-1988، مشيراً إلى أن الدول الأوروبية قامت بتوريد السلاح الكيميائي إلى العراق ولم تعترف بذلك أبداً.