بعد انتهاء المعارك العسكرية في صيدا وإحكام الجيش سيطرته على المربع الامني التابع للشيخ أحمد الاسير واكتشاف كميات كبيرة من الأسلحة والمتفجرات كانت في عهدته , وبعد صدور مذكرات توقيف بحق الاسير ومجموعة من مرافقيه من قبل مفوض الحكومة لدى المحكمة العسكرية القاضي صقر صقر, يعتبر الشيخ أحمد  الاسير فارا من وجه العداله .
وعلى ضوء الاتهامات الموجه إليه وفي مقدمتها إنشاء مجموعة إرهابية وحيازة أسلحة وذخائر وقتل عناصر الجيش اللبناني ومدنيين يعتبر الشيخ أحمد الأسير ومن فرّ معه مطلوبون للعدالة بعد صدور مذكرات التوقيف هذه بحقهم .
ويعتبر القانون 58 مادة اساسية لادانة الاسير وتوقيفه ويقضي هذا القانون بعقوبة الإعدام بناء على الاتهامات الموجهة إليه مع الاخذ بعين الاعتبار ما يتضمنه قانون العقوبات المتعلق بجرائم الحرب الاهلية والأعمال الإرهابية حيث نصّ هذا القانون على عقوبة الإعدام إذا أدى العمل الإرهابي إلى الموت أو التهديم أو التخريب وأكد أحد القضاة أن هذه العقوبة تنطبق على الشيخ أحمد الأسير  .
وفي المادة 549 من قانون العقوبات ما يؤكد عقوبة الإعدام بحق الأسير حيث تنص هذه المادة على عقوبة الإعدام بسبب القتل قصدا لموظف في أثناء ممارسته وظيفته.
كما أن هناك مجموعة مواد في قانون العقوبات تنص على عقوبة الإعدام ايضا للشيخ أحمد الاسير .
إن تطبيق هذا القانون والإجراءات المتعلقة به تعود لإمكانية القبض عليه والإمساك به وهذا منوط بقدرة المؤسسات الامنية والعسكرية على تجاوز العقد والحواجز الطائفية والسياسية التي تحيط بهذه القضية حيث يعتبر الشيخ احمد الأسير ومع كل التهم الموجهة إليه ومع كل الأعمال الإرهابية التي قام بها بحق الجيش اللبناني وبحق مدينة صيدا  يعتبر من وجوه الطائفة السنية الكريمة ما يعني في بلد كلبنان أنه محميّ طائفيا وسياسيا بالنظر إلى الجهات التي كانت تدعمه وفي الحال هذه لا تستطيع المؤسسات العسكرية والقانونية والامنية القبض عليه ومحاكمته وفقا للقانون والدستور وقد شهد لبنان حالات عدة مشابهة لا تزال القضايا المرتبطة بها عالقة حتى يومنا هذا  .