خلع السيد موسى الصدر عباءته وارتدى بذلة القتال ضدّ العدو الاسرائيلي الى جانب صفوف المقاومة الفلسطينية التي حلّت في كل بيت عربي كمشروع لتحرير فلسطين من خلال أفواج المقاومة اللبنانية " أمل " ومن خلال الوقوف الى جانب منظمة التحرير الفلسطينية الممثل الشرعي والوحيد للشعب الفلسطيني وتقديم الدعم المعنوي والديني لحركة فتح كبرى الفصائل الفلسطينية والارتباط معها كميدان عمل وورش مفتوحة لتدريب المجاهدين على حمل سلاح الايمان .
آنذاك دفع السيد موسى الصدر بعجلة المقاومة الى الأمام  ايماناً منه بالقضية وبالدور التاريخي للأمّة في مهمة نضالية تستدعي كل ما بيدي الشعوب العربية من امكانيات لخدمة القضية المركزية باعتبارها مركز الاجتماع العربي والاسلامي في ظل انقسامات كبيرة طالت بُنى السلطة . 
أسهمت الحرب الأهلية في لبنان وتمادي المقاومة فيها كدور تجاوز حدوده على حساب الوطن والدولة في ايجاد خلل بنيوي بين السيد الصدر وبين المقاومة وحلفائها خاصة وأن الامام كان يرى في سوريا سنداً للبنان ومعبراً الزامياً لا يمكن عبوره بدون تفاهم مسبق مع نظام حافظ الأسد في حين كانت المقاومة الفلسطينية بقيادة أبي عمار ترى في الرئيس الأسد طرفاً معطلاً لدور المقاومة الفلسطينية انطلاقاً من لبنان ودولة تريد الامساك بالورقة الفلسطينية لتحسين شروط التفاوض مع أي تسوية قادمة .
اذاً الحرب الأهلية وسيطرة  المقاومة الفلسطينية وتجاوزها الأمني بدءً من الجنوب الذي جعلوه بريداً مفتوحاً مع العالم لتقديم خدمات عربية لصالح دول تريد تثبيت أدوارها في المنطقة بواسطة الصاروخ الفلسطيني الذي لعنه موسى الصدر واعتبره خدمة مجانية لإسرائيل ونيلاً من القضية الفلسطينية . والخلاف مع وعلى سوريا أسهما في تعكير العلاقات بين المقاومة وبين الإمام الصدر وهذا ما أدّى الى مزيد من التدهور الى الحدّ الذي خونت فيه المقاومة الفلسطينية السيد موسى الصدر ورمته بجهالة العمالة لصالح مشروع  معادي لمشروع المقاومة  وكانت الماكنة الاعلامية والسياسية للمقاومة وحلفائها من أحزاب الحركة الوطنية تروج لهذه العمالة منطلقة مما جرى في النبعة وتل الزعتر يوم اتهموا السيد بتسليم مناطق شيعية لحزب الكتائب التزاماُ منه بدور وبمشروع اليمين اللبناني بقيادة الزعماء والأحزاب المسيحية .
من هنا لعبت المقاومة دوراً أساسياً في تغيب الإمام موسى الصدر وكانت شريكة فعلية في اليوم المشؤوم هي وقيادات أساسية من روّاد أحزاب الحركة الوطنية ومن ثمّ وقع الخلاف مع حركة أمل والذي أدّى الى حروب ضروسة بين المقاومتين أدّت في نهاية المطاف الى قتل الآلاف من اللبنانيين والفلسطينيين والى تدمير مناطق بكاملها وهذا ما دفع اسرائيل الى أن تحتل لبنان تحت وابل من الأرز والورود لقرف الناس من المقاومة ومن حروبها المتعددة في لبنان .
ان المقاومة التي حماها السيد موسى الصدر بعمته وجبته وعباءته هي التي قاتلته مرتين في الحضور وفي الغياب بعد رحلة صعبة من العلاقة التي بدأت في خندق واحد وانتهت في خنادق متقابلة تمّ من خلالها استهداف السيد موسى الصدر وأردوه في فخ القذافي بعد أن خونوه وطردوه من صور وكانت بعلبك شمس القسم الذي أعاد مجد أفواج المقاومة التي دُفعت الى مقاومة المقاومة الفلسطينية طيلة سنوات خسر فيها الفلسطينيون واللبنانيون ما لم يخسروه أبّان مقاومة  العدو والاحتلال .